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動植物簡化基因組

簡化基因組利用酶切技術或其他實驗手段降低基因組的復雜度,進而對基因組各類結構變異進行研究。常見的簡化基因組測序有RAD和GBS。簡化基因組通過對基因組特定區域進行測序,具有測序量低、性價比高、不依賴于參考基因組的優點,廣泛應用在遺傳圖譜等樣本量大的研究中。

應用領域

個體基因組變異檢測
突變體功能突變位點定位
群體遺傳學分析
全基因關聯分析

技術路線

分析內容

有參考基因組

1. 基因組電子酶切評估 (必須基于參考基因組)
1.1 電子酶切評估統計
1.2 基因組染色體Tags統計
1.3 酶切位點的染色體分布
2. 測序數據評估
3. 原始數據過濾
4. 比對數據統計
5. Variant分析
5.1 SNP檢測、注釋與統計
5.2 InDel檢測、注釋與統計
6.群體結構分析
6.1群體主成分分析(PCA分析)
6.2群體進化樹分析
6.3群體結構分析(STRUCTURE圖分析)

無參考基因組

1. 測序質量評估
2. 原始數據過濾
3. GBS tag聚類/ RAD tag聚類和拼接
4. Variant分析
4.1 SNP檢測、注釋與統計
4.2 InDel檢測、注釋與統計
5.群體結構分析
5.1群體主成分分析(PCA分析)
5.2群體進化樹分析
5.3群體結構分析(STRUCTURE圖分析)

樣品要求

樣品濃度:≥25 ng/μl,總量≥2 μg ;OD260/280 = 1.8~2.0

項目周期

標準流程完成時間為55個工作日。

參考文獻
Xue H, Wang S, Yao J L, et al. Chromosome level high-density integrated genetic maps improve the Pyrus bretschneideri ‘DangshanSuli’v1. 0 genome[J]. BMC genomics, 2018, 19(1): 833.
Chen L, Gao W, Chen S, et al. High-resolution QTL mapping for grain appearance traits and co-localization of chalkiness-associated differentially expressed candidate genes in rice[J]. Rice, 2016, 9(1): 48.

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